今天的虚拟化依然很年轻，有许多不成熟的工具和没有解决的难题，特别是性能分析和故障发现解决方案的空缺，我们会发现实现上述的功能有多么不易。
资源流动性对管理的挑战
IT管理员最大的职责也许就是管理好现有的资源，管理内容有记录物理机的使用、操作并确保系统的可用性，更有评估现有的资源是否满足需要，故障发生时必须迅速做出反应等等。
这些管理操作即使是小规模的服务器环境中已是不轻松，假如换到虚拟架构下将变得更加繁琐复杂。因为有了大量新的问题产生，比如虚拟机高效可控的部署、物理资源合理的分配，更有牵涉到费用分担的问题。
虚拟机易于创立且单独于底层硬件的本性催生了流动运算的思想，使得很难确切知道虚拟机的位置。这导致了所谓的“虚拟机蔓生”（由于灵活性大量创建虚拟机带来的系统复杂性）问题，因此为避免此问题的发生，必须应用虚拟化管理工具建立可靠的保护机制，主要是对系统用户创立虚拟机加以限制，监控系统且上报未使用的资源。
这种方案已在大部分虚拟平台上得到了应用，但是虽然用户对虚拟底层的访问受到限制，管理员还是无法精确算出虚拟数据中央的效率。
创建完虚拟机后，虚拟机环境的管理员不得不面对将虚拟机置于何处才是最好的问题。前面在资源划分中提到了要根据服务器的负载，将虚拟机合理分配到各服务器，而避免过载或闲赋。这就是管理工具的职责所在了。
微软的Virtual Machine Manager就有一个对现存物理机评分的系统，根据他评定物理服务器的星级，管理程式就能很轻易地为新的虚拟机找到最合适的一个。
但在某些情况下，甚至于虚拟机的创建都不是件容易的事情。比如大型ISP在虚拟化环境下需要在数秒钟内创建成百上千的虚拟机以提供足够多的服务，这个工作的顺利实现非得借助于智能工具不可。在这种特别情况下，和其花大把金钱换来不够灵活的解决方案，不如自身设计符合需要的解决方案，现在许多公司就是这么做的。
因此，虚拟化供给商也适时推出软件研发包（SDK）以满足用户自身定制的需要。VMware在这方面依靠开放的可编程接口和广泛的支持性，所以在市场上取得了很好的成绩。
最后一个但绝非最小的一个，就是许多IT管理者不得不面对虚拟化环境下新出现的计费问题。在一个中等规模的企业中，也许任何部门机器都已迁移到了虚拟环境下。由于虚拟环境的高度集中性，各部门使用资源的比率无法区分出。但各部分又都有各自的成本中央，因此对于底层硬件费用的分担比较困难。
即使成本是统一规划的，但在资源的使用控制和配给上，比如谁能够使用物理资源，又能申请多少等，这一点是很难做到的。
这些问题现在看来并不普遍，但相信数年之内必会因为虚拟化的普及而怨声四起。IBM推出的Tivoli中的一个组件Usage and Accounting Manager能够帮助用户解决这个困扰。
更多的问题随着大型公司多个虚拟化平台的采用会愈发凸现。由于各部门享有高度自治，因此在选用的平台难免有差别。所以IT管理员必须要做好同时管理VMware ESX server 和 Xen的准备，具备跨平台的管理工具势在必行。
最流行的方案有IBM, Cassatt, BMC Software, Enomaly 和Scalent的产品，也有一些新的竞争者，如Opsware。
多平台的管理支持意味着IT管理者无需了解创建虚拟机的不同技术和过程。这种管理工具的应用能够有效地管理各平台下的应用程式，甚至于应用程式在各不同平台下的迁移，但是这项功能需要前面提及的专门P2V工具的支持才能实现。
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